В основе метода очистки, применяемого в станциях EcoStation, лежит гидродинамическая технология очистки воды. Это технология, при которой комплексно используются процессы, происходящие в движущемся потоке воды: аэрация, кавитация, коллапсирование, коагуляция.
При помощи гидродинамических процессов из воды удаляются жиры и нефтепродукты, растворенные газы, многие органические соединения, происходит обеззараживание воды, а также окисляются и выпадают в осадок большинство металлов и их производных. Остальные загрязняющие вещества удаляются путем многоступенчатой фильтрации при помощи природных материалов.